Năm 1985, Tràm Chim được Ủy ban Nhân dân tỉnh Đồng Tháp thành lập với tên gọi là Công ty Nông Lâm Ngư trường Tràm Chim, với mục đích là trồng tràm và khai thác thủy sản, và vừa giữ lại được một phần hình ảnh của Đồng Tháp Mười xa xưa.
Năm 1986, loài sếu đầu đỏ (chim hạc, sếu cổ trụi), được tái phát hiện ở Tràm Chim.
Năm 1991, Tràm Chim trở thành Khu Bảo tồn Thiên nhiên Tràm Chim cấp tỉnh, nhằm bảo tồn loài sếu đầu đỏ (Grus antigone sharpii).
Năm 1994, nơi đây trở thành Khu Bảo tồn Thiên nhiên Tràm Chim, cấp quốc gia, theo Quyết định số 47/TTg ngày 2 tháng 2 năm 1994 của Thủ tướng Chính phủ kèm theo thông tư số 4991/KGVX, với diện tích 7.500 ha. Tháng 9 năm 1998, dự án đầu tư của khu bảo tồn thiên nhiên Tràm Chim được Phân viện Điều tra Quy hoạch Rừng II Thành phố Hồ Chí Minh chỉnh sửa theo đó diện tích khu bảo tồn là 7.313 ha.
Năm 1998, nơi đây trở thành Vườn quốc gia Tràm Chim theo Quyết định số 253/1998/QĐ-TTg, ngày 29 tháng 12 năm 1998 của Thủ tướng Chính phủ.
Ngày 22/5/2012, Vườn quốc gia Tràm Chim (Đồng Tháp) được Ban Thư ký Công ước Ramsar công nhận là khu Ramsar của thế giới. Đây là khu Ramsar 4 của Việt Nam và là khu Ramsar 2.000 của thế giới.
2016, gần 30 năm nhưng đây là lần đầu tiên cò ốc làm tổ, đẻ trứng cả đàn có đến ngàn tổ. Chị Nguyễn Thị Nga (Trung tâm bảo tồn, phát triển sinh vật) cho biết, thường thì cò ốc về vườn từ tháng 12 đến tháng 5 năm sau. Trước năm 2000 thi thoảng mới thấy một con cò ốc bay về. Thậm chí nhiều người nghĩ rằng cò ốc đã bị tuyệt chủng rồi. Trước tình trạng nguy cấp này, năm 2007 cò ốc được đưa vào Sách đỏ Việt Nam để bảo vệ nghiêm ngặt.[1]
